Biohub, ASV valdības iestādes un tehnoloģiju uzņēmumi iegulda 1,8 miljardus dolāru atvērtos datos šūnu MI modeļiem

Bezpeļņas pētniecības institūts Biohub, ASV Enerģētikas ministrija (DOE) un Nacionālie veselības institūti (NIH) trešdien, 7. oktobrī, paziņoja par Virtuālās bioloģijas iniciatīvas (Virtual Biology Initiative) paplašināšanu. Kopā ar jauniem partneriem tie šim mērķim novirzīs 1,8 miljardus dolāru finansējuma, datu, skaitļošanas jaudas un mērīšanas tehnoloģiju veidā. Iecerēts izveidot atvērtu datu resursu, uz kura pamata pētnieki varētu apmācīt MI modeļus, kas paredz, kā šūnas reaģē uz dažādām izmaiņām.

Lielākās summas nāk no valsts iestādēm. DOE piecu gadu laikā plāno ieguldīt vairāk nekā 500 miljonus dolāru bioloģiskajos mērījumos, modelēšanā un skaitļošanā, bet NIH nodos datu kopas un krātuves, kas tapušas ar vairāk nekā 500 miljonu dolāru iepriekšēju federālo finansējumu. Google DeepMind, zāļu izstrādes uzņēmums Isomorphic Labs un Meta kopā ieguldīs vēl 300 miljonus dolāru, savukārt pats Biohub iniciatīvai jau aprīlī apņēmās atvēlēt 500 miljonus.

Galvenais mērķis ir tā sauktā „virtuālā šūna”, proti, modelis, kas ļautu zinātniekiem daļu eksperimentu vispirms veikt digitāli un dārgajam laboratorijas darbam atstāt tikai daudzsološākos. Lai to panāktu, iniciatīva plāno vākt datus par šūnu reakciju uz dažādām iejaukšanās metodēm, piemēram, zālēm vai ģenētiskām izmaiņām, daudz plašākā šūnu tipu un apstākļu lokā nekā līdz šim pētīts.

Biohub zinātniskais vadītājs Alekss Raivss paziņojumā uzsvēra, ka precīzs bioloģijas modelis varētu ievērojami paātrināt zinātniskos atklājumus, taču tam vajadzīga koordinēta datu vākšana valstu un starptautiskā mērogā. Institūts aicinājis pievienoties arī citus pētniekus visā pasaulē.

Biohub savu ieguldījumu iecerējis tērēt galvenokārt jaunām mērīšanas tehnoloģijām, piemēram, krioelektronu tomogrāfijai, kas ļauj saskatīt gandrīz atomāra līmeņa detaļas šūnas iekšienē, un mikroskopijai, ar kuru dzīvos audos var novērot miljoniem šūnu. DOE izmantos savu nacionālo laboratoriju tīklu, tostarp eksaflopu klases superdatorus. Iniciatīvā iesaistījušies arī Alena institūts, Broad institūts, Wellcome Sanger institūts, projekts Human Cell Atlas un citi, bet skaitļošanas infrastruktūru atbalstīs NVIDIA.

Biohub 2016. gadā dibināja Meta vadītājs Marks Zukerbergs un viņa sieva Prisilla Čena. Virtuālās bioloģijas iniciatīva sākotnēji tika izziņota 2026. gada aprīlī kā piecu gadu programma. Pirmajā posmā plānots izveidot plašu šūnu bioloģijas karti un vienotus datu standartus, lai dažādu iestāžu datu kopas varētu izmantot kopā. Paši modeļi vēl ir tikai iecere, un to izstrāde prasīs vairākus gadus.